Cụ thể, Tổng cục Hải quan yêu cầu thủ trưởng các đơn vị nghiêm túc triển khai các nội dung: Tổ chức thanh tra, kiểm tra về tài chính, thuế đối với doanh nghiệp không quá 1 lần/năm, không trùng lắp, chồng chéo và được công khai trước cho doanh nghiệp.
Đồng thời, các đơn vị rà soát kế hoạch thanh tra, kiểm tra đảm bảo không trùng lắp với kế hoạch thanh tra, kiểm tra tài chính của Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước, kế hoạch thanh tra chuyên ngành của các Tổng cục đã được Bộ trưởng Bộ Tài chính phê duyệt.
Trường hợp thanh tra, kiểm tra đột xuất tại doanh nghiệp chỉ tiến hành khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo yêu cầu của cơ quan quản lý cấp trên, cơ quan thanh tra, kiểm toán, điều tra.
Bên cạnh đó, các đơn vị không thanh tra, kiểm tra lại khi không có căn cứ theo quy định của pháp luật hoặc những vấn đề, nội dung mà cơ quan có thẩm quyền đã kết luận, xử lý…
Được biết, đây là những nội dung được Tổng cục Hải quan cụ thể hóa để thực hiện chỉ đạo của Chính phủ và Bộ Tài chính về việc thanh tra, kiểm tra tài chính, thuế đối với doanh nghiệp.
Năm 2016, Tổng cục Hải quan đã chỉ đạo thanh tra, kiểm tra nội bộ, chống tham nhũng theo các chuyên đề từ khâu thu thập thông tin đến cách thức tổ chức thực hiện.
Đặc biệt, từ việc phát hiện sơ hở ở một số địa phương, lãnh đạo Tổng cục Hải quan đã chỉ đạo tập trung làm rõ và thực hiện thanh kiểm tra trong toàn Ngành, nhất là các đơn vị Hải quan trọng điểm. Điển hình như các chuyên đề liên quan đến ắc quy, vải filament, thép nhập khẩu có thuế tự vệ, máy cày, máy xới… và kiến nghị truy thu gần 70 tỷ đồng.
Một điểm đáng chú ý khác đó là để góp phần thực hiện tốt nhiệm vụ thu ngân sách, những tháng cuối năm 2016, Tổng cục Hải quan cử 4 đoàn kiểm tra giám sát công tác thu thuế và chấp hành pháp luật tại các cục hải quan địa phương lớn nhằm góp phần tăng thu ngần sách, tăng cường tính tuân thủ pháp luật của người khai hải quan và cán bộ công chức.