DN lập và nộp báo cáo quyết toán thực hiện theo đúng quy định tại Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính và hướng dẫn tại công văn 1501/TCHQ-GSQL ngày 29/2/2016 của Tổng cục Hải quan.
Theo đó, số liệu tồn đầu kỳ, số liệu tồn cuối kỳ được kết xuất từ hệ thống sổ kế toán tại thời điểm bắt đầu và kết thúc năm tài chính (không phân biệt theo thời điểm áp dụng Luật thuế XK, thuế NK).
Đối với nguyên liệu, vật tư NK theo loại hình kinh doanh đã nộp đầy đủ các khoản thuế theo quy định, sau khi sản xuất ra sản phẩm mà DN tìm được thị trường XK thì hoạt động này được xem xét hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ và không phải thực hiện báo cáo quyết toán; cơ quan Hải quan quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh của DN trên cơ sở hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã nộp.