Hiện nay, hệ thống VNACCS/VCIS thực hiện trên phạm vi toàn quốc đã góp phần giảm thời gian thông quan hàng hóa, mang lại nhiều lợi ích cho DN XNK do thời gian thông quan nhanh (đối với hàng luồng Xanh là 1 – 3 giây, đối với luồng Vàng, luồng Đỏ phụ thuộc vào thời gian kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa). Tuy nhiên, để hàng hóa có thể đưa vào hoặc đưa ra khu vực giám sát hải quan, DN vẫn phải có xác nhận bằng văn bản (Danh sách container/hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan) của cơ quan Hải quan để chuyển cho DN kinh doanh kho, bãi, cảng làm cơ sở để DN kinh doanh kho, bãi, cảng cho phép đưa hàng qua khu vực giám sát theo đúng quy định của Điều 41 Luật Hải quan.
Việc trao đổi thông tin thủ công giữa cơ quan Hải quan và DN kinh doanh kho, bãi, cảng dẫn đến tăng thời gian trao đổi thông tin về hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát. Do đó làm tăng thời gian giải phóng hàng của DN (có thể phát sinh thêm chi phí lưu kho bãi) đồng thời tạo ra độ mất chính xác của thông tin thời gian thực tế hàng hóa đưa vào, đưa ra khu vực giám sát hải quan (cơ quan Hải quan đã xác nhận qua khu vực giám sát trên Hệ thống nhưng có thể hàng hóa vẫn chưa đưa ra khỏi bãi cảng).
Ngoài ra, do có sự tiếp xúc trực tiếp của DN với công chức Hải quan trong việc xác nhận qua khu vực giám sát có thể phát sinh tình trạng công chức giám sát lợi dụng các quy định về giám sát gây phiền hà, nhũng nhiễu cho DN.
nguồn thông tin cơ quan Hải quan cần thu thập để thực hiện giám sát hải quan đối với phương tiện vận tải và hàng hóa chuyên chở trên phương tiện vận tải hiện nay chưa được tổng hợp một cách đầy đủ, xuyên suốt theo lịch sử vận chuyển của hàng hóa mà đang bị chia cắt tại nhiều quy trình cũng như nhiều Hệ thống công nghệ thông tin. Ví dụ, thông tin manifest được khai báo trên Cổng thông tin một cửa và do Hãng tàu, Đại lý hãng tàu hoặc Công ty giao nhận khai báo; việc bốc, xếp, bảo quản, lưu giữ hàng hóa thuộc trách nhiệm của DNKD cảng, kho, bãi nhưng chưa có Hệ thống trao đổi và quản lý; tờ khai trên Hệ thống VNACCS do người khai hải quan khai báo; việc quản lý giám sát thực hiện trên Hệ thống e-Customs nhưng các thông tin này hiện chưa được chia sẻ hoặc chia sẻ rất hạn chế giữa các Hệ thống.
Khắc phục những bất cập hiện nay, Tổng cục Hải quan sửa đổi, bổ sung quy định giám sát hải quan đối với hàng hóa XK, NK tại dự thảo Thông tư sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính để quy định rõ trách nhiệm của cơ quan Hải quan, DN kinh doanh kho bãi cảng, người khai hải quan.
Theo đó, cơ quan Hải quan có trách nhiệm cung cấp thông tin tờ khai đủ điều kiện qua khu vực giám sát cho cơ quan kinh doanh kho, bãi, cảng.
Đối với DN kinh doanh kho, bãi, cảng có trách nhiệm: Chỉ cho phép vận chuyển hàng hóa ra, vào khu vực cảng, kho, bãi trên cơ sở danh sách hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát do cơ quan Hải quan cung cấp. Cung cấp thông tin hàng hóa NK đã dỡ hàng từ phương tiện vận tải nhập cảnh và thời gian đã ra khỏi kho, bãi, cảng; hàng hóa XK đã đưa vào khu vực kho, bãi, cảng chờ XK và thời điểm được xếp lên phương tiện vận tải xuất cảnh cho cơ quan Hải quan; thông tin về việc thay đổi vị trí hàng hóa, sự nguyên trạng của hàng hóa…
Người khai hải quan chỉ làm việc với DN kinh doanh kho, bãi, cảng để lấy hàng (trừ trường hợp đặc biệt). Người khai hải quan cũng không phải in mẫu 29/DSCT/GSQL Phụ lục V đối với hàng hóa vận chuyển bằng container và mẫu 30/DSHH/GSQL Phụ lục V đối với hàng hóa khác (chỉ in khi hệ thống trao đổi với cảng gặp sự cố và những địa điểm chưa có kết nối cảng).
Hiện tại, cơ quan Hải quan đã thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với cơ quan kinh doanh cảng, kho, bãi tại 9 cảng ở Hải Phòng, tại cảng Cát Lái- TP. Hồ Chí Minh và cảng Tiên Sa-Đà Nẵng.