Tháng 9/2016, báo cáo chuyên đề về thực trạng KTCN đối với hàng hóa XK, NK tại thành phố với Đoàn Đại biểu Quốc hội TP.HCM để kiến nghị đến các cơ quan chức năng sớm điều chỉnh, bổ sung những quy định bất cập về KTCN; Tháng 11/2016, tham mưu cho UBND thành phố ban hành văn bản 6566/UBND-KT ngày 16/112016 chỉ đạo các cơ quan có liên quan trên địa bàn thành phố tăng cường phối hợp thực hiện KTCN đối với hàng hóa XNK tại TP.HCM.
Ngoài ra, Cục Hải quan TP.HCM và các chi cục hải quan trực thuộc thường xuyên và định kỳ tổ chức gặp gỡ, đối thoại với cộng đồng doanh nghiệp. Từ tháng 2/2017, đã thực hiện kế hoạch gặp mặt 400 doanh nghiệp lớn có kim ngạch XNK và nộp ngân sách nhà nước lớn để lắng nghe phản ánh của các doanh nghiệp về những khó khăn, bất cặp liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá, trong đó có vướng mắc về kiểm tra chuyên ngành, để có biện pháp tháo gỡ nếu thuộc phạm vi thẩm quyền và kiến nghị lên các cơ quan chức năng nếu không thuộc phạm vi thẩm quyền…
Theo Cục Hải quan TP.HCM, mặc dù đã kiến nghị nhiều, một số cơ quan quản lý chuyên ngành đã ghi nhận, có sự thay đổi cơ chế chính sách, tuy nhiên quy định về KTCN chưa được điều chỉnh để làm thay đổi căn bản phương thức KTCN như yêu cầu của Nghị quyết 19/2016 và Nghị quyết 19/2017 của Chính phủ, như: Danh mục hàng hóa phải KTCN trước khi thông quan vẫn còn quá nhiều; Chưa thực hiện nguyên tắc quản lý rủi ro trong KTCN; Chưa công nhận kết quả KTCN của các nhà XK nổi tiếng tại nước xuất khẩu, chưa công nhận kết quả kiểm tra, phân tích của các nước tiên tiến; Vẫn còn tình trạng một mặt hàng phải qua nhiều cơ quan KTCN…
Hiện nay, có quá nhiều văn bản quy phạm pháp luật về quản lý và KTCN gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp và cơ quan Hải quan. Kết quả rà soát tính đến tháng 4/2017 có đến 414 văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến quản lý và KTCN.
Thực trạng KTCN nói trên đối với hàng hoá nhập khẩu, ngoài việc làm kéo dài thời gian thông quan, thực sự đã trở thành gánh nặng chi phí cho các doanh nghiệp và nếu tính cả chi phí cơ hội của doanh nghiệp, chi phí của các cơ quan, tổ chức có liên quan phải bỏ ra, thì tổng chi phí xã hội dành cho KTCN đối với hàng hoá XNK là cực kỳ lớn, nhưng kết quả KTCN phát hiện vi phạm lại rất ít, chỉ khoảng 0,035% – 0,47%.
Cục Hải quan TP.HCM sẽ tiếp tục cùng với các cơ quan KTCN, cơ quan kinh doanh cảng nâng cao và mở rộng 2 địa điểm KTCN tập trung hiện có về quy mô cũng như về chất lượng hoạt động, hoàn thiện cổng thông tin KTCN nhằm đảm bảo các yêu cầu về quản lý và tiếp tục cắt giảm bớt thời gian thông quan ở những khâu có thể để tạo thuận lợi hơn nữa cho doanh nghiệp.
Theo đại diện của Viện Quản lý kinh tế Trung ương, từ những kiến nghị của Cục Hải quan TP.HCM về KTCN, các bộ chuyên ngành đã tiếp thu và sửa nhiều nội dung có liên quan. Tuy nhiên, trên thực tế, DN vẫn còn gặp khá nhiều vướng mắc về quản lý chuyên ngành. Đây cũng là nội dung mà Chính phủ rất quan tâm và đã đưa ra trong nội dung chỉ đạo tại Nghị quyết 19.
Tại buổi làm việc, đoàn công tác tiếp tục ghi nhận nhiều bất cập, vướng mắc trong công tác KTCN do Cục Hải quan TP.HCM kiến nghị.