Các nhóm vấn đề về thủ tục hải quan đang được lấy ý kiến gồm: Hồ sơ hải quan; nộp hồ sơ hải quan dưới dạng điện tử; khai hải quan; thời điểm thông báo kết quả phân luồng tờ khai; thời điểm nộp giấy phép khi thực hiện thủ tục hải quan; khai bổ sung hồ sơ hải quan; hủy tờ khai hải quan; đưa hàng về bảo quản; giám sát hải quan đối với hàng hóa XK, NK ; quản lý hàng hóa gia công, sản xuất XK, DN chế xuất.
Chẳng hạn, quy định về nộp, xác nhận và sử dụng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ thuế (tại Điều 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC) có một số điểm được sửa đổi, bổ sung như sau: “1. Người khai hải quan, người nộp thuế không phải nộp tờ khai hải quan hàng hóa XK, NK (sau đây gọi tắt là tờ khai hải quan) khi đề nghị cơ quan Hải quan thực hiện các thủ tục giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trừ trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy.
2. Các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ khai bổ sung, hồ sơ thông báo Danh mục hàng hoá miễn thuế, hồ sơ báo cáo sử dụng hàng hóa miễn thuế, hồ sơ, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, hồ sơ đề nghị gia hạn nộp thuế, hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ, hồ sơ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, hồ sơ đề nghị xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp theo quy định phải nộp bản chính thì người khai hải quan phải nộp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu chính cho cơ quan hải quan.
Khi kiểm tra hồ sơ, cơ quan Hải quan căn cứ vào các thông tin và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan do người khai hải quan nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ”…
Về hồ sơ hải quan, dự thảo thông tư bổ sung quy định “Hồ sơ người khai hải quan phải lưu giữ:
1. Hồ sơ hải quan gồm:
a) Tờ khai hải quan hàng hóa XK, NK;
b) Giấy phép XK, NK đối với hàng hóa phải có giấy phép;
c) Giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc giấy thông báo kết quả kiểm tra của cơ quan kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật;
d) Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc các hình thức có giá trị tương đương;
đ) Chứng từ xác nhận tổ chức, cá nhân đủ điều kiện XK hàng hóa theo quy định của pháp luật về đầu tư: 01 bản chụp;
e) Chứng từ xác nhận hàng hóa đủ điều kiện XK theo quy định của pháp luật chuyên ngành: 01 bản chụp;;
g) Hóa đơn thương mại trong trường hợp người mua phải thanh toán cho người bán;
h) Vận tải đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương;
i) Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa;
k) Phiếu đóng gói hàng hóa (nếu có);
l) Tài liệu kỹ thuật, catalogue, bản phân tích thành phần, chứng thư giám định liên quan đến hàng hóa XK, NK (nếu có);
m) Danh mục máy móc thiết bị và Phiếu theo dõi trừ lùi khi khai báo mã số đối với trường hợp phân loại máy liên hợp hoặc tổ hợp máy thuộc các Chương 84, 85 và 90 của Danh mục hàng hóa XK, NK Việt Nam và trường hợp phân loại máy móc, thiết bị ở dạng chưa lắp ráp hoặc tháo rời;
n) Sổ, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán;
o) Quy trình sản xuất; các quy trình kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp (nếu có); Kế hoạch sản xuất; Báo cáo quyết toán nhập-xuất-tồn về tình hình sử dụng nguyên liệu vật tư, máy móc, thiết bị, hàng hóa XK và chứng từ, tài liệu liên quan đến định mức thực tế để gia công, sản xuất sản phẩm XK.
p) Các chứng từ, hồ sơ có liên quan đến việc kiểm tra, xác định trị giá hải quan theo quy định tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;
q) Hồ sơ liên quan đến việc miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế XK, thuế NK, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường.
2. Người khai hải quan chịu trách nhiệm lưu giữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại khoản 1 Điều này, nộp, xuất trình cho cơ quan Hải quan khi kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên ngành. Trường hợp đã nộp bản chính cho cơ quan Hải quan thì phải lưu bản sao hoặc trường hợp cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành và các tổ chức có liên quan thực hiện các thủ tục hành chính có liên quan đến hàng hóa XK, NK thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia thì người khai hải quan lưu giữ dưới dạng điện tử hoặc chuyển đổi ra chứng từ giấy theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.”…
